Zwolnienie z VAT jest związane z czynnościami, za które spółdzielnia pobiera opłaty, a które dotyczą lokali mieszkalnych. Odnosi się ono jednak jedynie do opłat eksploatacyjnych, które dotyczą samodzielnych lokali mieszkalnych.

Spółdzielnia pobiera od swoich członków opłaty eksploatacyjne, które dotyczą m.in. garaży i lokali użytkowych, z których korzystają członkowie. W deklaracjach spółdzielnia rozliczyła te opłaty jako sprzedaż opodatkowaną stawką 22 proc., jednak nie była pewna swojego stanowiska. Zgodnie bowiem z art. 43 ust. 1 pkt 11 ustawy VAT zwalnia się od podatku czynności wykonywane na rzecz członków spółdzielni, którym przysługują spółdzielcze prawa do lokali mieszkalnych, członków spółdzielni będących właścicielami lokali mieszkalnych lub na rzecz właścicieli lokali mieszkalnych nie będących członkami spółdzielni, za które są pobierane opłaty, zgodnie z art. 4 ust. 1, 2, 4 i 5 ustawy z 15.12.2000 r. o spółdzielniach mieszkaniowych. Spółdzielnia wystąpiła więc do naczelnika urzędu skarbowego, który stwierdził, że pobieranie opłat eksploatacyjnych za lokale użytkowe oraz garaże jest czynnością zwolnioną od VAT. W konsekwencji spółdzielnia dokonała korekty złożonych deklaracji VAT. Tymczasem dyrektor izby skarbowej zmienił z urzędu interpretację i uznał, że zwolnienie dotyczy czynności i opłat związanych wyłącznie z lokalami mieszkalnymi. Spółdzielnia odwołała się od tej decyzji, a sprawa trafiła do sądu, który uchylił decyzję dyrektora i stwierdził, że opłaty eksploatacyjne dotyczące garaży i lokali użytkowych, są zwolnione z VAT. Dyrektor izby skarbowej wniósł skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego, który uchylił wyrok I instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia. Sąd uznał, że przepis ustawy podatkowej wyraźnie wskazuje na właścicieli lokali mieszkalnych oraz członków spółdzielni, którym przysługuje spółdzielcze prawo do lokalu mieszkalnego. Stąd zdaniem NSA zwolnienie jest związane z czynnościami, za które spółdzielnia pobiera opłaty, a które dotyczą lokali mieszkalnych. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyniku ponownego rozpatrzenia sprawy oddalił skargę spółdzielni i podzielił stanowisko, że zwolnienie odnosi się jedynie do opłat eksploatacyjnych, które dotyczą samodzielnych lokali mieszkalnych.

Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 20.05.2008 r. sygn. akt III SA/Wa 538/08